Brodarski institut 15. rujna obilježava obljetnicu stavljanja Instituta na raspolaganje Vladi Republike Hrvatske. Toga dana 1991. godine skupina odlučnih i hrabrih radnika na vlastitu inicijativu izvela je akciju preuzimanja Instituta od tadašnje JNA. Akcija se simbolično zvala “Hrvatski barjak u Brodarskom institutu”.
Tom prilikom radnici su razoružali postrojbu JNA stacioniranu u Brodarskom institutu. Preuzeli su oružje i postavili osiguranje Instituta. Kako je akcija već ranije bila pripremana, odmah je uspostavljen kontakt sa Zborom narodne garde. Dio oružja zatečenog u Institutu dan je na uporabu postrojbama ZNG-a. U uvjetima dok je većina ustanova bivše JNA konvojima otpremana na istok- tom akcijom sačuvan je Institut u cijelosti sa svim svojim materijalnim potencijalima, dokumentacijom i ljudskim resursima, koji su odmah stavljeni u funkciju obrane domovine.
Tijekom rata u Institutu je vođeno više od 80 projekata za potrebe OS RH. Akcija prevođenja Brodarskog instituta u nadležnosti hrvatske države jedinstvena je i po tome što je to bila prva takva akcija u Hrvatskoj. Jedini je primjer očuvanja cijele ustanove.
Sudionici akcije odlikovani su Spomenicom Domovinskog rata 1990.-1992. Danas Brodarski institut Odlukom Vlade Republike Hrvatske posluje kao institucija čije su djelatnosti od posebne važnosti za znanost, gospodarstvo i obranu Republike Hrvatske.
