Pavlinski izvori govore da je samostan u Lepoglavi utemeljio grof Herman II. Celjski, oko 1400. godine, sagradivši podno brda Gorica u Hrvatskom Zagorju samostanski kompleks s crkvom sv. Marije.
Crkva je, sudeći prema gotičkim strukturama i grbovima obitelji Celjski, sačuvana do danas. Na kamenim klesancima pronađenima u klaustru utvrđeni su klesarski znakovi uobičajeni oko 1400. godine, koji ukazuju na graditeljske utjecaje praškoga Parlerovog kruga, karakteristične za doba Celjskih, što potvrđuje istovremenu gradnju crkve i samostana. U prodoru Turaka 1481. godine stradali su i crkva i samostan, a ponovnu obnovu crkve pomaže hrvatski ban Ivaniš Korvin koji je i sahranjen ispod glavnog oltara 1504. godine. Prema zapisima, prvotni je samostan bio okružen čvrstim zidom koji je na uglovima imao okrugle kule.
U drugoj polovici 17. stoljeća crkva je nekoliko puta pregrađivana i dograđivana. Crkva je barokizirana gotička građevina, a njena unutrašnjost bogata je baroknim namještajem, drvorezbarijom, baroknim oltarima i freskama Ivana Krstitelja Rangera.
Ukidanjem pavlinskog reda 1786. g. kompleks je stavljen pod državnu upravu koja je 1854. g. u samostanskim prostorima uredila zatvor, što je i ostao sve do 2000. godine. Prenamjena Lepoglave za kaznionicu imala je dalekosežan negativni učinak na zgrade nekadašnjeg samostana. Ona je značila devastaciju jer su izvedeni radikalni zahvati uklanjanja zidova i svodova, a većina ostalih, vanjskih zgrada je porušena.
Najveća devastacija bivšeg pavlinskog sklopa dogodila se 1945. godine, pri povlačenju njemačke vojske, kad je eksplodirala golema količina streljiva i eksploziva. Tada je potpuno srušeno cijelo zapadno krilo, a zračnim udarom teško je bila poljuljana konstrukcija stare crkve. Obnova cijelog sklopa i konzervatorsko-restauratorski radovi počeli su već 1946. godine.
Sedamdesetih godina prošlog stoljeća vršena su prva arheološka iskopavanja u Lepoglavi, kada Praški zavod za zaštitu spomenika 1972. – 1974. u dvorištu samostana pronalazi ostatke starog srednjovjekovnog samostana. Iskopavanja se nastavljaju 1991. i 1993. u hodniku južnog krila samostana i kapelama uz sjevernu stranu crkve.
U organizaciji župe izvodi se nova statička sanacija crkve. Početkom devedesetih godina, 1991. – 1994., Restauratorski zavod Hrvatske vodi obnovu pročelja i unutrašnjosti crkve, u potpunosti utemeljenu na konzervatorsko-restauratorskim istraživanjima.
Godine 2001. samostan je vraćen Varaždinskoj biskupiji, a njegovom se obnovom i uređenjem nastoji Lepoglavi vratiti epitet vjerskog kulturnog središta sjeverozapadne Hrvatske. Premda je čitava crkva spomenik nulte kategorije, od posebne su vrijednosti orgulje iz 1649. godine, jedne od najstarijih u Hrvatskoj.
