U povijesnim vrelima poznato je kao groblje bez mrtvačnice u čijoj se sredini nalazio križ, bilo je ograđeno živicom i posvećeno davne 1786. godine. Uz njega je uskoro nastalo i vojničko groblje jer su običaji i propisi tog vremena nalagali da se vojnici moraju ukapati zasebno.
O tom groblju koje se nalazilo na samom početku današnjeg Radićevog šetališta kod Gupčeve zvijezde uz cestu prema Mirogoju danas nema vidljivih tragova i zapisi o njemu ostaju kao spomen na vrijeme između 1786. i 1879. godine.
Prema dostupnim zapisima i istraživanjima Borisa Mašića i Slavka Šterka, groblje se nalazilo na prostoru nekadašnje bolnice za kužne bolesti, danas Klinike za infektivne bolesti dr. Fran Mihaljević. Ukopi su počeli nakon rušenja stare templarske crkve i gradnje nove crkve sv. Ivana Krstitelja.
Tada je i zatvoreno groblje na Novoj Vesi. Na tom groblju ukapali su i brojne vitezove Templare koji su se nakon ukinuća reda tamo sklonili.
Groblje je zapravo nastalo spontano i isprva su na njemu siromahe ukapali besplatno. Ostali su grobarinu morali platiti novoveškoj općini. Ime je dobilo po kapelici sv. Tome Apostola koju je 1724. godine dao sagraditi župnik s Nove Vesi Tomo Plevšić.
Uz njega je uskoro nastalo i takozvano vojničko groblje gdje su pokapali žrtve brojnih ratova 18. i 19. stoljeća.
Koji su vojnici, iz kojih bitaka i ratova tamo pokopani, nije poznato jer je još od rimskih vremena postojao običaj da se vojnik pokopa u blizini mjesta gdje je poginuo, a jedan dio njegovog tijela prenese na groblje u domovinu.
Poznato je međutim, kako je vojno groblje nastalo uz groblje sv. Tome i kako je sa zapadne, sjeverne i južne strane bilo omeđeno visokim jablanima, a na istočnoj strani živicom.
Vojničko groblje zatvoreno je 1879. godine iako su se sporadični ukopi događali i kasnije sve do trena kada je i vojničko, i groblje sv. Tome zauvijek nestalo. 1893. godine srušena je i kapela sv. Tome, a gradnjom nove ceste prema Mirogoju, uništeni su brojni grobovi.
Ostatke onih koji su preživjeli radove obilježavale su žalosne vrbe i čempresi. Posljednji zapis o sudbini groblja govori o događaju iz 1913. godine kada je dio nadgrobnih spomenika odvezen na današnji Ilirski trg a potom uzidan u istočni dio podzida Vrazova šetališta.
Upravo je tamo, kao temeljeno kamenje, završila i većina nadgrobnih spomenika običnog puka s Jurjevskog groblja. Što se dogodilo s posmrtnim ostacima osoba koje su u gotovo stoljeće pokopana na vojničkim i groblju svetog Tome misterija je na koju povijesna vrela daju samo površan odgovor. Pretpostavlja se kako je dio prenesen na Mirogoj, a dio ostao u zemlji gdje su umrli pokopani.
Naime, službenim otvaranjem Mirogoja 6. studenog 1876. godine stekli su se uvjeti da započne postupno zatvaranje starih zagrebačkih groblja što je bilo popraćeno i akcijama prenošenja pojedinih značajnijih spomenika na središnje zagrebačko groblje.
Prema prikupljenim podacima dotadašanja groblja su zatvarana postupno. Jurjevsko groblje u travnju 1876., Rokovo groblje 2. lipnja 1877.,groblje svetog Tome u veljači 1879., oba vojnička groblja (katoličko i pravoslavno) u rujnu 1879. i Petrovo groblje u veljači 1879. godine.
Posljednji ispraćaji preselili su se na Mirogoj, a vojničko groblje na njegovom prilazima zavijek je prekrila tama vremena.
O ljudima i vojnicima koji su tamo pokopani malo se zna, pa o brojkama nema ni govora. Ono što je poznato i što je vremenom postala svojevrsna urbana legenda, jest priča o groblju bez nadgrobnih spomenika koje danas više ne postoji i dijelom leži na putu današnje ceste prema Mirogoju.
Iste one ceste na kojoj se 31. listopada 1954. godine dogodila Mirogojska tramvajska nesreća, jedna je od najvećih tramvajskih nesreća u svijetu. Devetnaest je putnika poginulo, dok ih je trideset i sedam bilo uglavnom teško ozlijeđeno.
